Иван Иванович появился на свет в семье купца И.В. Шишкина. Его  детство прошло в Елабуге. Отец пытался заинтересовать сына естественными науками, механикой, археологией. Мальчик был отправлен в Первую казанскую гимназию для получения достойного образования. Но его с детства манило искусство, из-за этого он и бросил данное учебное заведение. Вернувшись в родные пенаты, И.И. Шишкин принялся самозабвенно рисовать, что не слишком нравилось его родителям, поэтому художник упражнялся в рисовании по ночам.

Когда в Елабугу приехали художники для росписи церковного иконостаса,  И.И. Шишкин впервые серьезно задумался о творческой профессии. Узнав у них об училище живописи и ваяния, он решил там познавать азы мастерства.  Отец с трудом согласился отпустить сына. Но поставил условие, что отпрыск не бросит и там учебу, а превратится во второго К. Брюллова. Иван Иванович слово сдержал. В 1852 году он начал обучение в Московском училище живописи и ваяния под наставничеством художника-портретиста Аполлона Мокрицкого. Однако его влекли пейзажи, в рисовании которых он самоотверженно и упражнялся. Затем молодой человек в 1856 году поступил в Санкт-Петербургскую Императорскую академию художеств. Иван Иванович прилежно учился и удивлял выдающимися способностями в живописи.

В первый же год художник отправился на летнюю практику на остров Валаам, за его виды он получил от академии большую золотую медаль. За время учебы ему вручили две малых серебряных и малую золотую медаль за картины с питерскими пейзажами. После окончания академии Иван Иванович поехал за границу. Ему академия назначила специальную пенсию, и И.И. Шишкин отправился в Мюнхен, затем в Цюрих, Женеву и Дюссельдорф. Здесь художник много писал пером, из-под которого вышла судьбоносная картина «Вид в окрестностях Дюссельдорфа». Именно за нее Иван Иванович получил звание академика. Через 6 лет И.И. Шишкин вернулся на родину.

Художник путешествовал по России в поисках интересных мест, необычной натуры. Когда появлялся в Санкт-Петербурге, устраивал выставки, участвовал в делах артели художников. В 70-х годах Иван Иванович основал вместе с коллегами Товарищество передвижных художественных выставок, примкнув к объединению аквафортистов. В этот же период за картину «Лесная глушь» Академия возвела его в ряд профессоров. Во второй половине 1870-х годов И.И. Шишкин тяжело переживал смерть жены, запил и растерял друзей и близких. Но всё-таки вернулся к работе. Так появились картины «Рожь», «Первый снег», «Сосновый бор». Незадолго до смерти И.И. Шишкина пригласили преподавать в Высшем художественном училище при Академии художеств. Иван Иванович любил общаться с молодыми авторами и даже старался в свое творчество вносить новые мотивы.

Нельзя не отметить, что И.И. Шишкина часто сравнивают с биологом, поскольку он  внимательно изучал растения. Например, прежде чем приступить к работе, ощупывал мох, мелкие листья, траву. В его творчестве прослеживались эксперименты с сочетаниями различных кистей, мазков, попытки передать неуловимые цвета и оттенки. Кроме того, Иван Иванович вдохновлялся пейзажами Троице-Сергиевой лавры, лесом на Лосином острове, просторами Сокольников и Сестрорецка. Художник рисовал в Беловежской пуще и в родной Елабуге. Есть распространенный факт, что И.И. Шишкин иногда трудился в коллаборации с другими художниками. Например, писать картину «Утро в сосновом лесу» помогал анималист и товарищ К. Савицкий. К слову, полотно имеет две авторские подписи.

В 1868 году обвенчался по большой любви с сестрой художника Ф. Васильева Евгенией. Супруга родила ему двух сыновей и дочь. И.И. Шишкин был счастлив. Но в 1874 году жена умерла, за ней скончался и маленький сын. Позднее Иван Иванович женился на собственной ученице, художнице Ольге Ладоге. Через год после свадьбы женщина умерла, оставив мужа с дочкой на руках.

Сам художник покинул этот мир за работой над очередным шедевром. Утром живописец сел за мольберт. В мастерской, помимо него, работал помощник, который и рассказал подробности смерти учителя. И.И. Шишкин зевнул, а затем его голова просто опустилась на грудь. Врач поставил диагноз – разрыв сердца. Незаконченной осталась картина «Лесное царство», а последней завершенной работой живописца является «Корабельная роща». Ивана Ивановича похоронили на Смоленском православном кладбище в Санкт-Петербурге, но в середине 20 века его прах перевезли в Александро-Невскую лавру.